肠道是营养物质消化和吸收的主要场所，也是人体最大的免疫器官，处于机体免疫防御的前沿。肠道稳态是机体肠道免疫系统（肠道黏膜和免疫屏障）、肠道菌群、肠细胞分化再生、营养物质和代谢产物等相互作用而形成的动态平衡。而且，肠道和其它器官或系统之间的调节是双向的，形成了“肠-脑轴”、“肠-肝轴”、“肠-肺轴”、“肠-皮轴”等调节通路。肠道稳态对于肠道的生理功能以及健康至关重要，肠上皮屏障、肠道免疫系统或肠道菌群的失调可引起多种肠道疾病和代谢疾病，常见的如肠易激综合征（Irritable bowel syndrome, IBS）、炎症性肠病（Inflammatory bowel disease, IBD）、肥胖、2型糖尿病和非酒精性肝病等。事实已经证明，肠健康才能常健康。

肠道菌群是肠道内多种共生细菌和其他微生物的统称，是一个复杂而动态的微生物生态系统，有助于维持肠道稳态。肠道菌群在胆汁酸代谢中发挥着重要作用，它借助胆盐水解酶和类固醇脱氢酶等通过脱氢、脱羧基和脱硫等作用改变胆汁酸的组成，随后通过影响胆汁酸受体再反馈调节胆汁酸代谢。胆汁酸由肝脏产生，分泌到近端小肠，并由肠道菌群调节，从而影响多种免疫过程。胆汁酸代谢和肠道稳态之间的紧密联系在调节机体的免疫系统和肠道菌群、维持营养代谢和能量平衡以及机体健康等方面具有重要作用。探索肠道菌群与胆汁酸代谢的关系并用于治疗和预防代谢疾病已成为一种研究方向。但是，对于口服类抗生素和口服疫苗与肠道稳态以及胆汁酸代谢之间的互作关系的研究仍比较匮乏。基于此，本项目将围绕肠道稳态研究领域 ，以肠道菌群和胆汁酸代谢为主要研究对象，深入剖析口服抗生素或口服疫苗之后肠道菌群结构和胆汁酸代谢的变化，揭示肠道稳态与抗生素杀菌和疫苗免疫的互作关系及调控机制，为通过肠道稳态途径控制病原菌感染、解决抗生素耐药以及提高口服疫苗免疫效果奠定理论基础。